Načeloma so škotski ovčarji zelo zdrava in neproblematična pasma psov, ki doživi lahko tudi do 15 let starosti brez večjih težav, vendar pa je pomembno, da mladička kupite pri vzreditelju, ki opravlja teste za dedne bolezni, ki se pojavljajo pri pasmi in da gre za psa z rodovnikom.
Lahko se pojavi predvsem displazija kolkov, pri nekaterih psih pa tudi epilepsija, alergije, poslabšan imunski sistem in neplodnost.
Pojavljajo se tudi težave z očmi, ki lahko pripeljejo tudi do slepote.