Škotski ovčarji imajo dolgo, sijočo, elegantno in trdo dlako po celem telesu. Le ta je nekoliko krajša na glavi in na nogah, okoli vratu pa se pojavlja griva. Obstajajo v več barvah, za prave škotske ovčarje pa je zaželjen bel ovratnik, ter bela dlaka po prsih, šapah in na konici repa.
Škotski ovčarji se sicer pojavljajo v štirih osnovnih barvah: soboljeva in bela, bela, srberna in trobarvna kombinacija.
Za nego dlake škotskih ovčarjev porabimo kar neaj časa. Priporočljivo je dnevno česanje, predvsem za ušesi in pod komolci, saj se dlaka tam rada zavozla.
Z nego dlake je treba začeti že pri mladičkih škotskih ovčarjev, da se kasneje v življenju na česanje navadijo in se mu ne upirajo.
Škotske ovčarje se kopa po potrebi, vendar pa je pomembno, da jih ne kopamo pogosteje kot enkrat na nekaj mesecev, saj drugače dlaka lahko izgubi zaščitno plast in pes postane bolj občutljiv.
Prav tako ni priporočljivo striženje ali britje škotskih ovčarjev, saj je njihova koža zelo občutljiva in lahko se zgodi tudi, da jim dlaka ne bo več zrasla nazaj.